Kiemelt fontosságú feladatai között említette még a NATO és az EU közötti jó kapcsolatok ápolását, és hangsúlyozta, hogy a szövetség híd lehet Európa és az Egyesült Államok között.
Az iraki háború idején De Hoop Scheffer külügyminiszterként mindvégig kiállt az Egyesült Államok mellett, s megfigyelők úgy vélik, hogy ha csak rajta múlt volna, országa katonailag is részt vesz a hadműveletekben. Mivel azonban hollandia csak mérsékelten támogatta az amerikai hadműveleteket, Franciaország és Németország is támogatta főtitkári jelölését.
Az új főtitkárt a transzatlanti viszony erősítésének meggyőződéses híveként ismerik, aki azonban - az országa által képviselt álláspontnak megfelelően - az európai egység továbbépítésére is nagy súlyt helyez.
De Hoop Scheffer a harmadik holland a NATO-főtitkár posztján. Előtte a 60-as években Dirk Stikker, majd 1970-1980 között Joseph Luns töltötte be ezt a tisztséget.