A szervezet a tervek szerint 2005. január elsején kezdené meg a működését. A közösség célja, hogy közös uniós határőrség felállítása nélkül hozza azonos szintre a tagországok határőrségeinek munkáját, egyforma hatékonyságot biztosítva minden külső határon. Ennek érdekében összehangolt képzési és kutatási programokat valósít majd meg, gyakorlati segítséget nyújt a külső határokon fennálló nehézségek leküzdéséhez és az illetéktelenül az unió területén tartózkodó harmadik országbeli állampolgárok kitoloncolásához. Egyik első feladataként az ügynökség leltárba veszi majd az egyes tagállamok birtokában lévő speciális technikai eszközöket, például a konténerekben rejtőző emberek felderítésére alkalmas detektorokat, hogy ezeket azután a tagállamok rajta keresztül kölcsönvehessék, és mindíg ott vethessék be, ahol a legnagyobb szükség van rá.
Az ügynökség várhatóan az újonnan csatlakozó országoknak, így Magyarországnak is segítséget nyújt majd abban, hogy hatékonyan tudják ellátni a közös EU-határ védelmét - írja az euro.hu. Az ügynökség felállítását a portál híradása szerint Spanyolország és Olaszország szorgalmazta leginkább, mivel a két ország az észak-afrikai illegális bevándorlási hullám megfékezése érdekében szeretne szervezettebben együttműködni a többi uniós országgal a határőrizet terén.
Az ügynökség a BruxInfo információi szerint 30 fővel kezdi majd meg működését, költségvetése 2005-ben 6 millió, 2006-ban 10 millió euró lesz, működését a schengeni együttműködésben részt vevő országok irányítják majd, így Magyarország várhazóan csak 2007 után, az együttműködés teljes jogú tagjaként szólhat bele a szervezetet érintő konkrét döntésekbe.