A tárgyalt ügyek jellegétől függően mindig az adott kérdésben illetékes szakminiszterekből áll. A legmagasabb szintű tanács az Általános Ügyek Tanácsa, amely a tagállamok külügyminisztereiből áll. A szervezet elnökségét fél éves rotációban látják el az egyes tagállamok, minden egyes Tanács elnökségét az éppen az elnökséget betöltő állam szakminisztere látja el.
Az egyes országokat képviselő miniszterek a lakosságuk arányának megfelelő számú szavazattal rendelkeznek. A 15 tagú Unióban összesen 87 szavazat oszlott így szét, a bővítés után a szavazatok száma 321-re emelkedik, amiből Magyarországra 12 jut. A döntéshozatal érdekessége, hogy a Bizottság által kezdeményezett ügyekben a döntéshez a minősített többség mellett (a 87 szavazatból 62, a bővítés után a 321-ből 232) a tagállamok legalább felének a támogatására is szükség van.
Mivel a Tanács jellegéből adódóan nem tud folyamatosan ülésezni, és a miniszteri találkozókon csak a legfontosabb kérdések áttekintésére és a döntéshozatalra van idő, az ügymenet folytonosságát egy kiterjedt hivatalnokszervezet tartja fenn. Ez a COREPER, a tagállamok állandó brüsszeli képviselőinek és szükség szerint azok helyetteseinek bizottsága. Emellett a Tanács Főtitkársága látja el az ülésekhez kapcsolódó előkészítő és adminisztratív feladatokat.