Az Agrárgazdasági Kutatóintézetből került 1983-ban a minisztériumba mint olyan szakember, aki jól ismeri a mezőgazdaságot, az agrárágazat működését. A tárcánál mezőgazdasági mérnökként, közgazdászként az élelmiszergazdaság költségvetési kapcsolatainak elismert szaktekintélyévé vált.
Kiemelt szerepet vállalt az uniós csatlakozás előkészítésében az agrárfinanszírozás és szabályozás területén. Pénzügyminisztériumi munkája mellett 2000 óta betöltötte a Hitelgarancia Rt. Felügyelő Bizottsága elnöki pozícióját. A debreceni Agrártudományi Centrum tiszteletbeli egyetemi docense. Dr. Pintér Jánost a PM saját halottjának tekinti.