A kapcsolt vállalkozások kötelesek lesznek a piaci ár meghatározásánál alkalmazott módszerüket, valamint az azt befolyásoló tényeket megfelelően dokumentálni. Ez azonban csak az erre vonatkozó pénzügyminiszteri rendelet hatálybalépését követő szerződésekre vonatkozik majd. Az erre vonatkozó uniós irányelv elfogadására egyelőre még várni kell.
Fontos változás lesz az átalakulási irányelv átvétele is. Ennek célja az, hogy a cégek nemzetközi átalakulása közvetlenül ne eredményezhessen adóköteles árfolyamnyereséget, vagy egyéb társasági adókötelezettséget az átalakuló vállalatok vagy tulajdonosaik számára. A közvetett adóhatások, például az illetékek, ugyanakkor megmaradnak.
Megszűnnek a beruházási adókedvezmények
A várható hátrányok közül a legjelentősebb a beruházási adókedvezményeket érinti. Ezeket az EU-csatlakozás után fokozatosan ki kell küszöbölni. A 2003-ban megkezdett beruházások után már nem vehető igénybe 100 százalékos adókedvezmény, ehelyett módosított fejlesztési adókedvezményre lehet számítani. A már megszerzett jogosultság alapján 2011-ig vehető igénybe kedvezmény. A vállalkozási övezetre vonatkozó adóalap-csökkentés csak a 2002. év végéig üzembe helyezett eszközökre érvényesíthető.
Az önkormányzatok sem vezethetnek be újabb helyi kedvezményeket 2003. március 31. óta, és az idei évtől a határozatlan idejűek sem vehetők igénybe. A határozott idejű adókedvezmények 2007. december 31-ig használhatók.