Percekkel később a technikusok megnövekedett légellenállást jelentettek, valamint nyomáscsökkenést a futómű gumiabroncsaiban. Ezután került sor az utolsó kapcsolatfelvételre. "Columbia, Houston, látjuk az üzeneteket a keréknyomásról, de nem kaptuk meg a legutóbbi jelentést." A Columbia parancsnoka, Rick Husband válaszából csak ennyit hallani: "Vettem, huh _" - itt megszakad az adás.
Ajtókat bezárni
A kapcsolat elvesztése után a repülésirányítók működési hibákat kezdenek jelenteni. Cain rákérdez, hogy mikor kellett volna megérkeznie a radarjelnek. "Egy perccel ezelőtt" - válaszol egy repülésirányító. Egy sor ellenőrzés következik, majd csend. Végül hallható, ahogy Cain azt mondja: "Ajtókat bezárni!", ez azt jelenti, hogy senki nem hagyhatja el a helyiséget.
Bár továbbra is kérdéses, mi okozta a február elsejei katasztrófát, nagyon valószínű, hogy a bal szárnynál jelentkezett probléma. Az amerikai légierő földi telepítésű követőkamerájának képein sérülések látszanak az űrrepülő bal szárnyán, bár azt még nem tudni, ezt mi okozhatta. Több feltételezés is napvilágot látott: az eddigi elképzelések szerint a felszálláskor levált szigetelőhab, egy jégtömb, esetleg valamilyen légköri jelenség sérthette meg a szárnyat.