Az ombudsman a hozzá benyújtott egyéni panaszok nyomán jár el. Panasszal élhet nála az EU bármely állampolgára, vagy az Unió területén bejegyzett irodával rendelkező vállalkozás vagy szervezet, ha az megítélése szerint valamelyik közösségi intézmény jogszerűtlenül vagy helytelenül járt el vele szemben. Ez jelentheti azt, hogy az adott intézmény nem tett meg valamit, amit meg kellett volna tennie, helytelenül cselekedett, vagy olyat tett, amit jogköréből adódóan nem lett volna szabad. Ezen esetek körébe tartozik minden eljárási szabálysértés, tisztességtelen eljárás, hátrányos megkülönböztetés, hatalommal való visszaélés, az információ hiánya vagy információközlés megtagadása és a méltánytalan késedelem.
Az ügyek felderítését az ombudsman széles körű vizsgálati jogosultságai segítik. Minden uniós szervnek, intézménynek, testületnek és állampolgárnak kötelessége az eljárás során az információszolgáltatás. Hatásköre egyedül az Európai Bíróság tevékenységének vizsgálatára, valamint a már jogerősen lezárt vagy jogvita tárgyát képező esetekre nem terjed ki.
Ha egy panasz jogosnak bizonyult és sikerült az ügyben a jogsértést sikerült felderíteni, az ombudsman megegyezéses megoldást keres, ha ez sikertelen, ajánlásokat fogalmaz meg az intézmény számára, ha pedig ez sem vezet eredményre, az Európai Parlament elé tárja az esetet.