A játékosként (1974) és szövetségi kapitányként (1990) is világbajnok Beckenbauer 1999-ben a klub karácsonyi ünnepségén félrelépett az egyik titkárnővel. A kapcsolat "gyümölcse" a 2000 augusztusában született gyerek.
Az eset után az 56 éves sportvezető úgy nyilatkozott, feleségével, Sybille-lel megbeszélték az esetet, s fel sem merült, hogy elváljanak.
Beckenbauer 12 éve nős, második nejével - aki korábban a titkárnője volt - a tiroli síparadicsomban, Kitzbühelben él. Első házasságából három - ma már felnőtt - fia született.