Kovács Attila és fia tagadta a vádakat az APEH Bunügyi Igazgatósága által az 1998-as kormányváltás után indított büntetőeljárásban. Az ügyészség 2000 áprilisában nyújtotta be a vádiratot a bírósághoz, és két év múlva idén tavasszal tartották meg az első tárgyalást a büntetőperben.
A bűnüldöző hatóságok szerint 1996-98-ban Kovács Attila adócsalást, illetve társadalombiztosítási járulékfizetési kötelezettség megsértését, ifjabb Kovács Attila társadalombiztosítási járulékfizetési kötelezettség megsértését követte el, mely alapján a volt MLSZ-elnök kettőtől tizenkét évig terjedő szabadságvesztéssel lett volna sújtható.
Kovács Attila az eljárás során nem tagadta, hogy cégének több mint félmilliárdos tartozása halmozódott fel különböző adónemekben, de mint mondta: kért halasztást az APEH-tól és egészen 1998 decemberéig rendszeresen törlesztette a közterheket, ha nem is mindig a kellő mértékben. A bíróság pénteken az adócsalás vádja kapcsán hozott bűncselekmény hiányában felmentő ítéletet, a társadalombiztosítási csalás kapcsán az ügyészség ejtette a vádat, így a bíróság e vonatkozásban megszüntette az eljárást.