A megállapodás alapján a nemzeti park és a határőr igazgatóságok, valamint az országos szakmai irányító szervek hatósági és szakmai együttműködése valósul meg. A két szervezet közös célja a természetvédelmi jogszabályok és érdekek kiemelt érvényesítése. A megállapodásban kötelezettséget vállalnak az államhatár rendjét sértő cselekmények, így például a védett fajok kereskedelmének megelőzésére, illetve a bűncselekmények felderítésére. Kölcsönös továbbképzési lehetőséget biztosítanak egymásnak, közös feladataikat összehangolva hajtják végre. A Határőrség és a Természetvédelmi Hivatal tájékoztatják egymást a szakterületüket érintő hatályos jogszabályokról.
A kis létszámú Természetvédelmi Őrszolgálat munkáját jelentősen segítheti a Határőrséggel való együttműködése, de a határőrizeti szempontból frekventált védett természeti területeket kiválóan ismerő állami természetvédelmi őrök is eredményesebbé tehetik a határőrségi tevékenységet.