A legnagyobb gondot a víz természetes eredetű arzéntartalma jelenti, ez jelenleg 1,4 millió lakost érint, 2,5 millióan pedig olyan vezetékes ivóvízhez jutnak, amelyben az ammóniumion meghaladja a normális értéket. Probléma még, hogy az elöregedett ivóvízellátó és csatornahálózatokat nem cserélik le.
Sok helyen a felszín alatti vizek természetes vízminősége sem felel meg az ivóvízszabványnak. A felszín alatti víztestek tizenöt százaléka kapott gyenge minősítést.
A vízminőséget elsősorban az Ukrajnából és Romániából belépő folyók nehézfém-szennyezettsége befolyásolja. A legkritikusabb térség az Alföld és a Tisza-völgy. Az Alföld egyes részein a hasznosítható vízkészlet 2050-re akár a felére is csökkenhet.
A Magyar Tudományos Akadémia Köztestületi Stratégiai Programjának új kötete ezekre a problémákra is megoldást keres. A stratégiai feladatok között a könyv szerzői kiemelik, hogy a vízellátás és a csatornázás mellett a megfelelő minőségű ivóvíz biztosításáról, a szennyvizek összegyűjtéséről, kezeléséről, elhelyezéséről és a csapadékvizek elvezetéséről is gondoskodni kell.