A rendszer legfontosabb feladata a közös valuta működtetése és stabilitásának megőrzése. Az EKBR ennek megfelelően alakítja ki és hajtja végre az EU közös pénzügyi politikáját, bonyolítja a közösség devizaügyleteit és kezeli a tagállamok devizatartalékát, valamint gondoskodik a fizetési rendszerek zavartalan működéséről.
A bankot ötmilliárd ECU tőkével alapították, amelyet a közösség tagállamai jegyeznek lakosságuk és bruttó nemzeti össztermékük uniós részarányának megfelelően.
A bank két fő döntéshozó szerve a Kormányzótanács és az Igazgatótanács. A Kormányzótanácsot az Igazgatótanács tagjai és a valutaunióban teljes joggal résztvevő országok jegybankjainak vezetői alkotják. Ez a testület szabja meg az EKBR működésének irányvonalát és hozza meg a legfontosabb döntéseket. Az Igazgatótanács tagjai az EKB elnöke, alelnöke és négy olyan tag, akiket nyolc évre választanak a tagállamok elismert pénzügyi szakemberei közül a Tanácsnak az Európai Parlamenttel és az EKB Kormányzó Tanácsával folytatott konzultációt követően tett ajánlására, a tagállamok egyetértésével. Az Igazgatótanács elnöke és alelnöke egyben az EKB elnöke is.
A Kormányzótanács évente legalább tíz alkalommal ülésezik. Minden tag egy szavazattal rendelkezik kivéve a tőkével kapcsolatos kérdéseket, amelyekben az EKB jegyzett tőkéjének megfelelő arányban szavaznak a tagállamok nemzeti bankjainak vezetői, a végrehajtó bizottság tagjai pedig nem rendelkeznek szavazati joggal. Ha egy ilyen döntésben minősített többségre van szükség, akkor annak elfogadásához a részvényesek felének és a jegyzett tőke kétharmadával rendelkező tagoknak a szavazatára van szükség.
Az EKB döntéshozó testületének harmadik szintje az Általános Tanács. Ennek tagja az EKB elnöke, alelnöke és minden tagország jegybankjának a vezetői. Ez a testület dönt azokban a kérdésekben, amelyek a valutaunión kívüli országokat érintik, például ezen országok nemzeti valutájának viszonyát a közös pénzhez.
A bank tevékenységét fölött az Európai Bíróság ellenőrzi és a bank maga is indíthat eljárást a Bíróság előtt. Az EKB és adósai illetve hitelezői vagy bármely más személy közötti vitás ügyekben az érintett tagállam bíróságai járnak, de bizonyos esetekben ilyenkor is az Európai Bíróság az illetékes.