A szervezet a tagállamok által delegált biztosokból áll. Jelenleg 20 biztos van, a kisebb tagállamok1-1, az öt nagyobb (Nagy-Britannia, Németország, Franciaország, Olaszország és Spanyolország) 2-2 biztossal képviselteti magát a szervezetben. Az Unió 2004-es bővítése után a Nizzai Szerződés értelmében a tagállamok már csak 1-1 biztost delegálnak. A döntéshozatal a szervezeten belül szavazással történik, minden biztos 1 szavazattal rendelkezik, a döntések egyszerű többséggel születnek.
A biztosoknak vannak alárendelve a Főigazgatóságok (Directorate General - DG), amelyek az uniós szakpolitikák (pl. agrárpolitika) végrehajtását végzik. Ezek a szervek hasonlíthatók leginkább a minisztériumokhoz. A végrehajtó feladatokban napi szinten a Bizottság a tagállamok kormányzati szerveire is támaszkodik.
Az Uniót a Bizottság képviseli a külkapcsolatokban és tárgyal a nemzetközi szervezetekkel. Felügyeli a Szerződés és a közösségi intézmények döntéseinek betartását és a költségvetési adminisztrációt. A közösségi jogalkotásban kiemelt szerepe van, mint javaslattevő az Európai Parlament és a Tanács felé. Működésének ellenőrzését a Parlament végzi.