A beszámoló szerint 1996 óta fontolgatták, hogy repülőgépekkel amerikai célpontokat támadnak meg. Mohammed először robbanóanyaggal megtöltött kis repülőgépeket akart alkalmazni, de Oszama bin Laden, az al-Kaida szervezet vezetője a tervet állítólag azzal a mondattal vetette el, hogy "minek neked fejsze, amikor buldózert is bevethetsz". A biztonsági szakemberek szerint ez volt az a pillanat, amikor felmerült az utasszállító repülőgépek elrablásának gondolata.
A Hamburgból érkező diákokat 1999 és 2000 fordulóján Afganisztánban Oszama bin Laden maga kereste fel, miután hűséget esküdtek neki. Feltárták előttük, hogy "rendkívül titkos feladat" végrehajtására választották ki őket, s ehhez repülőgépet kell tudniuk vezetni. Bin as-Siba, a merényletek koordinátora 2001 februárjában Oszama bin Ladentől megtudta, hogy melyek lennének a célpontok.
Az ismert épületeken - a New York-i Világkereskedelmi Központ két felhőkarcolóján, a Washington melletti Pentagonon - kívül az amerikai parlament székhelye is a célpontok között szerepelt. Mohammed Atta, a Világkereskedelmi Központ egyik tornyának ütköző repülőgép pilótája és Bin as-Siba abban állapodott meg, hogy az egymás közötti kommunikációban a Porsche 911 kódszót használják.