Molekuláris szimulációkat végző szuperszámítógép készül

A mikrobiológia atyjára emlékezve

A magántőkéből finanszírozott projektnek a D. E. Shaw Research ad otthont. A központ névadója Daniel E. Shaw számítástudományi szakember a kilencvenes években újmédiás üzleti stratégiákat dolgozott ki és alkalmazott a Wall Streetre, majd busásan meg is gazdagodott belőlük. Biológiai, kémiai, biokémiai szimulációs szoftvereket fejlesztő céget, majd kutatólaboratóriumot alapított. Az Anton névre hallgató speciális szuperszámítógép saját szellemgyermeke, ő vezeti a fejlesztést. Célja, hogy a tervek szerint az év végén működőképes gép szakterületén belül jócskán megelőzze általános rendeltetésű „kollégáit”.

Miért Anton? Mert Shaw és munkatársai a mikrobiológia atyjaként ismert Antonie Philips van Leuwenhoek (1632-1723) holland kereskedő és tudós emléke előtt tisztelegnek. A delfti illetőségű amatőr zseni ötszáznál több optikai lencsét, és mintegy négyszáz mikroszkópot hozott létre (amelyekből az utókor számára csak kilenc maradt fenn). Elsőként figyelt meg egysejtű organizmusokat, mikroorganizmusokat és végzett mikroszkopikus vizsgálatokat izomrostokról, baktériumokról, véráramról, hajszálerekről.

Anton és riválisai

Anton masszívan párhuzamos, 512 „szakosodott” processzor – alkalmazás-specifikus integrált áramkör – dolgozik szimultán benne. Munkájuk tárgya molekulák háromdimenziós jellemzőinek kiszámítása. Abban különbözik az IBM flexibilisebb, de „nyers erő” tekintetében mögötte lévő Blue Gene/L-jétől és a Stanford gridszerűen működő Folding@home-jától, hogy milliszekundumos folyamatokat, problémasorokat tud szimulálni, míg versenytársai sokkal – ezerszer – rövidebb femtoszekundumnyi időintervallumokból összeálló sorozatokra képesek csupán.

Annak ellenére, hogy a világ nagy kutatóközpontjaiban több mint tíz éve kísérleteznek molekuláris interakciók (fehérjék háromdimenziós molekulákká alakulása, egymáshoz való kapcsolódásaik, stb.) orvostudománynak és a gyógyszergyártásnak új impulzusokat adó szuperszámítógépes modellezésével, a szakterület igencsak gyerekcipőben jár még. A legszélsebesebb gépeken is több ezer órás szimuláció azonban rendkívül gyorsnak számít. Az eredményeket tapasztalt tudósok hitelesítik laboratóriumukban.