Háttérben rejt
Telepítés után a Ciphire folyamatosan együttműködik a levelezővel, de mivel a leveleket a levélküldés megkezdése után, illetve a beérkező levél megjelenése előtt veszi kezelésbe, a felhasználó számára az egész folyamat láthatatlan. A program automatikusan létrehozza a nyilvános és privát kulcsokat, csupán egy jelszót kér a júzertől.
A nyilvános kulcsot a Ciphire szerverein, a privátot a júzer saját számítógépén tárolja a program, és a két kulcs úgy kapcsolódik egymáshoz, hogy a levelezés két résztvevője a titkos kulcs csereberéje nélkül is biztonságosan tud kommunikálni egymással. A Ciphire minden egyes email elküldésekor megnézi a szervereken, hogy a két félnek már van-e ott nyilvános kulcsa, és ha van, titkosítja az üzenetet. A címzett esetében pedig a program automatikusan megkapja a küldő nyilvános kulcsát, és elvégzi a szükséges kódfejtést.
Nem szólhatnak bele
Ha a címzettnek nincs kulcspárja, a program csupán aláírja az üzenetet, ez a módszer azonban nem véd a kémkedők ellen, csupán a levél eredetét igazolja. A Ciphire jelszavai igazodnak az üzenet tartalmához, így illetéktelenek nem tudják észrevétlenül módosítani a szöveget menet közben.